Fue inaugurado el 15 de enero de 1920. El presidente de la Comisión Municipal, Dr. Nicolás Amuchástegui, expresó en esa oportunidad sus deseos de que, siendo el museo “del pueblo y para el pueblo, los beneficiados por la fortuna dejaran la huella de su paso con donativos de obras que perpetuaran sus nombres o de recursos para adquirirlas”. Estas ideas continuaron expresándose durante largo tiempo; pertenecían a los mismos coleccionistas que propiciaron, mediante la fundación del museo, el traspaso de sus colecciones privadas al ámbito público.
El pensamiento museológico. Antonio F. Cafferata (1875-1932) fue otro de los integrantes del grupo de personalidades que llevó a cabo en Rosario la progresiva institucionalización del campo intelectual. Su padre había sido gobernador de la provincia de Santa Fe y su madre descendía de los fundadores de Córdoba, de quienes heredó una heterogénea colección formada por artísticos, documentos históricos, medallas y fotografías. Desde un principio, la colección de Cafferata no estuvo determinada por el valor estético de las piezas sino por su valor histórico. Además de su actuación en las esferas del derecho y la política, fue socio de El Círculo y miembro de la Comisión
Municipal de Bellas Artes, en la que se desempeñó como vocal, vicepresidente, jurado de admisión del salón e integrante de una comisión especial creada con el fin de abrir una Academia Municipal de Bellas Artes.
En 1925 las diferencias entre Cafferata y el resto de la Comisión Municipal provocaron su desvinculación, a la que siguió su propuesta de un Museo Artístico y Científico que debía contar con dos secciones: una para las artes y otra para “el gran museo zoológico, étnico, arqueológico, colonial-histórico”. Como se advierte, el concepto dem museo de Cafferata estaba determinado por el contenido de su colección privada. El proyecto fue rechazado por la comisión, alegando que el interés del museo debía reducirse a las bellas artes. Sin embargo en 1929, presidiendo la comisión, Cafferata se autodenominó director del Museo de Bellas Artes y publicó el primer catálogo general,
en el que se detallaron obras, autores, año y modo de adquisición, lo que dejó una impronta organizativa más especializada.
Tras su muerte, acaecida en 1932, el concejal Luis Coussirat presentó un pedido para que la Municipalidad adquiriese la colección y la casa de Cafferata con el fin de aumentar el patrimonio del Museo de Bellas Artes. Las discusiones trascendieron a la prensa y, mientras la Comisión Municipal demoraba la decisión, la familia Cafferata terminó subastando la colección en Buenos Aires. La respuesta, de todos modos, fue negativa. Si bien la mayoría de sus proyectos no fueron viables, Cafferata dejó instalada la idea de un museo histórico y científico.